พ.ศ.2546 มหาวิทยาลัยนเรศวรมีนโยบายแยกคณะในคณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์เดิมออกเป็น 4 คณะ คือ คณะมนุษยศาสตร์ คณะสังคมศาสตร์ คณะนิติศาสตร์ และคณะวิทยาการจัดการและสารสนเทศศาสตร์ ภาควิชาประวัติศาสตร์ได้เลือกไปอยู่กับคณะสังคมศาสตร์ พร้อมทั้งได้พัฒนาหลักสูตรตามนโยบายของมหาวิทยาลัยในการจัดการเรียนการสอนแบบหลักสูตรคู่ขนาน ใน พ.ศ.2548 หลักสูตรประวัติศาสตร์ได้จัดแผนการเรียนร่วมกับหลักสูตรการจัดการท่องเที่ยว นิสิตใช้เวลาเรียน 5 ปี โดยได้รับ 2 ปริญญา คือ ศศ.บ. (ประวัติศาสตร์) และ บธ.บ. (การท่องเที่ยว)

ภาควิชาประวัติศาสตร์มุ่งเน้นพัฒนาหลักสูตรให้สอดคล้องกับมหาวิทยาลัยที่มุ่งเน้นให้ความสำคัญกับการศึกษา และการวิจัย เพื่อพัฒนาเป็นมหาวิทยาลัยแห่งการวิจัย โดยภาควิชาประวัติศาสตร์ได้เร่งพัฒนาหน่วยวิจัยภายในภาควิชาฯ พร้อมทั้งดำเนินการจัดทำหลักสูตรบัณฑิตศึกษาทั้งปริญญาโท และ เอก ที่สอดคล้องกับความต้องการขององค์กรทางภาครัฐและเอกชน ทั้งนี้ ใน พ.ศ. 2555 ภาควิชาประวัติศาสตร์ได้ดำเนินการพัฒนาหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิตและปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ศึกษา โดยเปิดดำเนินการรับนักศึกษาบัณฑิตศึกษาของภาควิชาฯ ในปีการศึกษา 2556 เป็นต้นไป อันเป็นการรองรับความต้องการในการศึกษาและวิจัยเพื่อการเตรียมพร้อมเข้าสู่ประชาคมอาเซียนของไทย